論文一覧

原著論文
日本語総説

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原著論文

2025

  1. Fecal microbial load is a major determinant of gut microbiome variation and a confounder for disease associations
    Suguru Nishijima, Evelina Stankevic, Oliver Aasmets, and 31 more authors
    Cell, Jan 2025
    LINK Research Highlight

2024

  1. Multi-biome analysis identifies distinct gut microbial signatures and their crosstalk in ulcerative colitis and Crohn’s disease
    Shintaro Akiyama, Suguru Nishijima†, Yasushi Kojima, and 10 more authors
    Nature Communications, Nov 2024
    LINK プレスリリース
  2. Opportunities and barriers in omics-based biomarker discovery for steatotic liver diseases
    Maja Thiele, Ida Falk Villesen, Lili Niu, and 27 more authors
    Journal of Hepatology, Aug 2024
    LINK

2023

  1. Sphingolipids Are Depleted in Alcohol-Related Liver Fibrosis
    Maja Thiele, Tommi Suvitaival, Kristina Trošt, and 29 more authors
    Gastroenterology, Jun 2023
    LINK
  2. Consistency across multi-omics layers in a drug-perturbed gut microbial community
    Sander Wuyts*, Renato Alves*, Maria Zimmermann-Kogadeeva*, and 19 more authors
    Molecular Systems Biology, Jul 2023
    LINK

2022

  1. Extensive gut virome variation and its associations with host and environmental factors in a population-level cohort
    Suguru Nishijima*, Naoyoshi Nagata*, Yuya Kiguchi, and 11 more authors
    Nature Communications, Sep 2022
    LINK プレスリリース
  2. Metagenomic Identification of Microbial Signatures Predicting Pancreatic Cancer From a Multinational Study
    Naoyoshi Nagata*, Suguru Nishijima*, Yasushi Kojima, and 25 more authors
    Gastroenterology, Mar 2022
    LINK プレスリリース
  3. Population-level metagenomics uncovers distinct effects of multiple medications on the human gut microbiome
    Naoyoshi Nagata*, Suguru Nishijima*, Tohru Miyoshi-Akiyama, and 15 more authors
    Gastroenterology, Jul 2022
    LINK プレスリリース

2021

  1. Long-read metagenomics of multiple displacement amplified DNA of low-biomass human gut phageomes by SACRA pre-processing chimeric reads
    Yuya Kiguchi, Suguru Nishijima, Naveen Kumar, and 2 more authors
    DNA Research, Sep 2021
    LINK

2020

  1. Emergence of the novel aminoglycoside acetyltransferase variant Aac(6’)-ib-d179y and acquisition of colistin heteroresistance in carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae due to a disrupting mutation in the DNA repair enzyme muts
    Takuya Sato, Takashi Wada, Suguru Nishijima, and 5 more authors
    mBio, Dec 2020
    LINK
  2. Revealing the microbial assemblage structure in the human gut microbiome using latent Dirichlet allocation
    Shinichiro Hosoda, Suguru Nishijima, Taku Fukunaga, and 2 more authors
    Microbiome, Dec 2020
    LINK プレスリリース

2019

  1. Effects of storage temperature, storage time, and Cary-Blair transport medium on the stability of the gut microbiota
    Naoyoshi Nagata, Mari Tohya, Fumihiko Takeuchi, and 10 more authors
    Drug Discoveries & Therapeutics, Oct 2019
    LINK
  2. Long-read metagenomic exploration of extrachromosomal mobile genetic elements in the human gut
    Yoshihiko Suzuki*, Suguru Nishijima*, Yoshikazu Furuta, and 5 more authors
    Microbiome, Aug 2019
    LINK
  3. Effects of bowel preparation on the human gut microbiome and metabolome
    Naoyoshi Nagata, Mari Tohya, Shinji Fukuda, and 16 more authors
    Scientific Reports, Mar 2019
    LINK

2018

  1. Collaborative environmental DNA sampling from petal surfaces of flowering cherry Cerasus × yedoensis ’Somei-yoshino’ across the Japanese archipelago
    Takahiro Ohta, Takeshi Kawashima, Naoaki O. Shinozaki, and 20 more authors
    Journal of Plant Research, Jun 2018
    LINK

2017

  1. Circadian oscillations of microbial and functional composition in the human salivary microbiome
    Lena Takayasu, Wataru Suda, Kageyasu Takanashi, and 8 more authors
    DNA Research, Jun 2017
    LINK

2016

  1. Nitrogen fixation and nifH diversity in human gut microbiota
    Katsura Igai, Manabu Itakura, Suguru Nishijima, and 20 more authors
    Scientific Reports, Aug 2016
    LINK
  2. The gut microbiome of healthy Japanese and its microbial and functional uniqueness
    Suguru Nishijima, Wataru Suda, Kenshiro Oshima, and 4 more authors
    DNA Research, Mar 2016
    LINK プレスリリース 日本語記事

日本語総説

2020

  1. メタゲノムデータを用いた腸内細菌叢への影響因子の解明
    永田尚義 西嶋傑
    ヒトマイクロバイオーム Vol.2 ～解析技術の進展とデータ駆動型・ターゲット機能型研究最前線～, Jun 2020
  2. ロングリードメタゲノミクス
    鈴木慶彦 , 西嶋傑 , 森下真一
    ヒトマイクロバイオーム Vol.2 ～解析技術の進展とデータ駆動型・ターゲット機能型研究最前線～, Jun 2020

2019

  1. メタゲノムデータからの微生物ゲノムの再構成
    西嶋傑
    実験医学増刊 シングルセルゲノミクス, Dec 2019
    LINK

2018

  1. 日本人腸内細菌叢のユニークさと国間多様性
    服部正平 西嶋傑
    週間医学のあゆみ, Oct 2018
    LINK
  2. 大規模シークエンスデータを用いたヒトマイクロバイオーム研究
    須田亙 , 緒方勇亮 , 西嶋傑
    CLINICAL CALCIUM, Sep 2018
  3. メタゲノム解析によるヒト腸内マイクロバイオームの国レベル多様性
    服部正平 西嶋傑
    最新醫學, Apr 2018
    LINK

2017

  1. 日本人腸内細菌叢の特徴と国間多様性
    服部正平 西嶋傑
    糖尿病診療マスター, Jun 2017
    LINK
  2. ヒト腸内細菌叢のメタゲノム解析
    大島健志朗 , 西嶋傑 , 服部正平
    生体の科学, Apr 2017
    LINK
  3. ヒト腸内マイクロバイオームのメタゲノム解析
    大島健志朗 西嶋傑
    ファルマシア, Nov 2017
    LINK

2016

  1. 腸内細菌叢のメタゲノム解析・メタ16S 解析
    須田亙 , 西嶋傑 , 高安玲奈 , and 1 more author
    今すぐ始める! メタゲノム解析実験プロトコール, Dec 2016
    LINK
  2. 日本人腸内細菌叢のメタゲノム解析と特徴解明
    西嶋傑 服部正平
    今すぐ始める! メタゲノム解析実験プロトコール, Dec 2016
    LINK
  3. ヒト腸内細菌叢のメタゲノムデータのインフォマティクス
    西嶋傑
    今すぐ始める! メタゲノム解析実験プロトコール, Dec 2016
    LINK
  4. 次世代シーケンサーを用いた腸内細菌叢の解析手法と日本人腸内細菌叢の特徴
    須田亙 , 西嶋傑 , 服部正平
    The Lipid, Apr 2016
  5. メタゲノム解析・16S 解析とその解析技術
    大島健志朗 , 西嶋傑 , 須田亙
    ヒトマイクロバイオーム研究最前線 〜常在菌の解析技術から生態、医療分野、食品への応用研究まで〜, Mar 2016
  6. 日本人腸内細菌叢のメタゲノム解析
    西嶋傑 服部正平
    ヒトマイクロバイオーム研究最前線 〜常在菌の解析技術から生態、医療分野、食品への応用研究まで〜, Mar 2016

2014

  1. ヒト腸内細菌マイクロバイオームの特徴
    服部正平 西嶋傑
    G.I. Research, Feb 2014
    LINK

2013

  1. ヒトの腸内マイクロバイオーム
    西嶋傑 服部正平
    細胞工学, Oct 2013
    LINK