Suguru Nishijima

東京大学大学院 新領域創成科学研究科 生命データサイエンスセンター

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ヒト腸内微生物叢(マイクロバイオーム)を中心に、その多様性、機能、そして進化のメカニズムを研究しています。腸内マイクロバイオームは、ヒトの体内でも特に多様な微生物が共存する複雑な生態系であり、栄養代謝や免疫調節など、健康を維持するためのさまざまな生理機能と深く関わっています。一方で、そのバランスの変化は多くの疾患とも関連しています。

主にバイオインフォマティクス技術を用いた大規模データ解析を通じて、これまで十分に理解されていなかった微生物多様性や新規機能を明らかにし、マイクロバイオームと健康・疾患との関連性を体系的に解き明かす研究を進めています。私たちの想像を超えるようなユニークな微生物やその生態を解明し、得られた知見を将来的な医学へ役立てることを目指しています。

2016年に東京大学で博士課程を修了後、ドイツのEMBL(欧州分子生物学研究所)にてポスドク研究員としてマイクロバイオーム研究に従事しました。2025年より日本に戻り、再び東京大学にて研究を進めています。

現在、一緒に研究を進めてくださる修士・博士課程の大学院生および研究員を募集しています。研究室の見学も随時受け付けていますので、研究内容にご興味をお持ちの方はお気軽にご連絡ください。

お知らせ

Feb 10, 2026 我々の日本人の腸内マイクロバイオームの特徴に焦点を当てたレビュー論文が日本学士院紀要から公開されました。
https://www.jstage.jst.go.jp/article/pjab/102/2/102_pjab.102.006/_article
Dec 01, 2025 地球規模のウイルスデータベース「VIRE」に関する論文がNucleic Acids Researchに掲載されました。
https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkaf1225/8356007
Apr 01, 2025 東京大学大学院 新領域創成科学研究科 生命データサイエンスセンターに特任准教授として着任しました。
Nov 27, 2024 筑波大学の秋山先生、東京医科大学の永田先生とのIBDのマルチバイオーム解析研究がNature Communicationsに発表されました。 https://www.nature.com/articles/s41467-024-54797-8
Nov 14, 2024 GALAXY/MicrobLiverプロジェクトで行った糞便負荷量の予測モデルの研究成果がCellに発表されました。 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867424012042

主要な成果

  1. The Japanese gut microbiome: ecology, uniqueness, and impact on health and disease
    Suguru Nishijima, Masahira Hattori, and Naoyoshi Nagata
    Proceedings of the Japan Academy, Series B, Feb 2026
  2. VIRE: a metagenome-derived, planetary-scale virome resource with environmental context
    Suguru Nishijima*†, Anthony Fullam*, Thomas SB Schmidt*, and 2 more authors
    Nucleic Acids Research, Nov 2025
  3. Fecal microbial load is a major determinant of gut microbiome variation and a confounder for disease associations
    Suguru Nishijima, Evelina Stankevic, Oliver Aasmets, and 31 more authors
    Cell, Jan 2025
  4. Extensive gut virome variation and its associations with host and environmental factors in a population-level cohort
    Suguru Nishijima*†, Naoyoshi Nagata†*, Yuya Kiguchi, and 11 more authors
    Nature Communications, Sep 2022
  5. Population-level metagenomics uncovers distinct effects of multiple medications on the human gut microbiome
    Naoyoshi Nagata*†, Suguru Nishijima†*, Tohru Miyoshi-Akiyama, and 15 more authors
    Gastroenterology, Jul 2022